Tallinks fartyg mellan Stockholm – Tallinn kommer också från och med den 9 mars 2009 att flytta från Frihamnen till Värtahamnen. I samband med hamnbytet kommer även ett par mindre tidtabellsjusteringar att genomföras.
Flytten från Frihamnen till Värtahamnen kommer att ske före vårens planerade fartygsbyten på linjerna Stockholm – Tallinn och Stockholm – Riga och i god tid före högsäsongen. Nybygget M/S Baltic Queen, som kommer att sättas i trafik på linjen Stockholm – Tallinn i slutet av april, är för stort för Frihamnen och flyttas därför tillsammans med M/S Victoria till Värtahamnen där Silja Lines fartyg till Helsingfors och Åbo avgår. Numera kan Tallinks och Silja Lines passagerare slippa köerna till de manuella incheckningskassorna. Nu har automatiska incheckningsterminaler installerats i Värtahamnen i Stockholm och i Länsiterminal i Helsingfors. Tjänsten finns sedan tidigare i Terminal-D i Tallinn. I Värtahamnen har tio automater installerats.